育種者應提交相應的申請文件。文件內容包括：植物新品種權請求書、說明書和照片。
文件準備齊全后，申請林業植物新品種權的申請人，可以直接向國家林業局提出申請，也可委托國家林業局指定的代理機構代理申請。對于申請品種權的育種者，可以直接向國家林業局植物新品種保護辦公室遞交申請文件，也可通過郵局郵寄申請文件。
申請文件遞交后，申請人所申請的保護品種將在國家林業局下發的書面公告或網上進行公告，如果在公告期沒有任何人對該品種提出質疑，該申請人將獲得新品種保護權。

國家林業局負責林木、竹、木質藤本、木本觀賞植物（包括木本花卉）、果樹（干果部分）及木本油料、飲料、調料、木本藥材等植物新品種保護。

一般來說，木本植物培育的時間較長，因此保護的期限也較長。我國已有明確規定：藤本植物、林木、果樹和觀賞樹木的品種權保護期限為20年，其他15年 。

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